周瑜病危，写信给孙权，推荐鲁肃代替自己。信中说：“当今天下，正值混乱多事，这正是我日夜忧心的事，愿陛下预先考虑尚未发生的事，然后才想到安逸享受。现在既然与曹操作对，刘备近在公安，边境附近的百姓尚未归附，应当用良将前往驻守镇抚。
鲁肃的智谋才略足以胜任，请求起用他来接替我。我死之日，也就没有牵挂的事了。”孙权采纳了周瑜的建议，当即任命鲁肃为奋武校尉，接替周瑜统领部队。周瑜私属部队四千多人，以及原来的奉邑四县，全都转归鲁肃所有。鲁肃开始时驻守江陵，后移兵下驻陆口。威望恩义，大行于众，部属增加万余人，被任命为汉昌太守、偏将军。
建安十九年，随孙权攻破皖城，改任横江将军。
在此之前，益州牧刘璋法度纲纪颓败废弛，周瑜、甘宁等人曾劝孙权借机攻取蜀地。孙权就此事征询刘备的意见，刘备心中有自己的打算，假意对孙权说：
“我与刘璋托名为皇族后裔，希望借助先人英灵，以匡救汉室。如今刘璋得罪了大家，我独自心内惊惧不安，不敢听说攻取蜀地的话语，希望您对他实行宽恕。如果这个请求没有得到答复，我当披散头发归隐山林。”
孙权答应了刘备的请求。然而，后来刘备却向西进军，图谋吞并刘璋，留关羽镇守荆州。孙权明白刘备的意图后，勃然大怒，骂道：““狡猾的东西竟敢耍弄诈术！”对刘备深为不满。
这时鲁肃与关羽邻界统兵，疆土犬牙交错，多次发生摩擦。鲁肃顾全大局，总是以友好的姿态安抚双方。刘备平定益州，孙权请刘备归还荆州中的长沙、零陵、桂阳三郡。刘备不肯。
孙权派吕蒙率军进取，长沙、桂阳二郡望风归附，唯有零陵太守郝普坚守不降。刘备得知，亲自引兵五万从成都赶回公安坐镇，派关羽率军三万争夺三郡。孙权也从秣陵进驻陆口，派鲁肃率领一万人屯守益阳，和关羽对抗。
鲁肃为了大局，邀请关羽相见，提出各自将兵马布置在百步以外，只有将军们各带单刀赴会。鲁肃做出决定后，他部下将领怕出变故，劝鲁肃不要轻蹈险地。鲁肃毫无畏惧，他说：“事到今日，应该把话说清。
刘备辜负国家，是非尚未论定。关羽又能怎么样呢？”毅然赴会。
会上，鲁肃数次指责关羽：“我们江东真心诚意将土地借给你们，是因为你们兵败远方而来，无有立足之地。现在已经得到益州，既然没有奉还荆州意思，那么就只要求你们归还三郡，而你们还不从命。”
鲁肃话音未落，荆州方面的一将说：“说到土地，只有仁德之人才能占有，哪来一家永远占住不放的道理！”鲁肃当即大声喝叱，辞色严厉。关羽此时也操刀而起，对那人说道：“这些自然是国家大事，他知道什么！”用眼光示意那人离去。
单刀会没有结果，双方僵持不下，战争一触即发。时曹操进攻汉中，刘备害怕失去益州，派人跟孙权讲和。双方议定，以湘水为界，平分荆州。江夏、长沙、桂阳三郡属孙权，南郡、武陵、零陵三郡属刘备。孙、刘休兵罢战。
建安二十二年，鲁肃病逝，享年四十六岁。孙权亲为举办丧事，并参加了他的葬礼。诸葛亮也为他举哀。
孙权始终不忘鲁肃在东吴政权创立过程中所起的重要作用。黄龙元年，在他称帝登坛祭天时，他对公卿们说：“过去鲁子敬曾经说道此处，可谓明于事势矣。”
当大帝迁都建业时，与将相文武大会，跟严畯说：“我过去把鲁子敬比作邓禹，当时你们争论没有停止过，现在又觉得如何呢？”严畯退席说：“我不明白这个意思，觉得夸赞鲁肃太过了吧。”
大帝说：“过去邓仲华见到光武帝，当时光武帝在更始帝手下，抚河北，行大司马事，光武帝最初并没有帝王的志向，是邓禹劝说他光复汉业，追索源头，开端是邓禹之议啊。子敬为人豪爽有奇略，与我最初相谈，便涉及帝王基业。
这点与邓禹相似，我才这么比较。这是有原因的，不是我偏爱他。”严畯于是佩服。
鲁肃遗腹子鲁淑长大后，历任昭武将军、都亭侯、武昌督、假节、夏口督，他治军严整，有才干，病逝，由其子鲁睦承袭爵位并统领兵马。
赤壁之战，孙刘两家以弱胜强，打败了曹操，这在很大程度上归功于鲁肃和诸葛亮的精心谋划。赤壁战后，曹操的实力仍然比刘备、孙权强大。作为一个高瞻远瞩的政治家，鲁肃对此非常清楚。他认为，无论是东吴孙权还是占据荆州的刘备，都不足以与曹操抗衡。摆在两家面前的有三条路：
一是联合抗曹；二是各自为战；三是不战而降，归附曹操。只有走联合抗曹的道路，才是正确的选择。所以，他终生不渝地坚持这一战略方针，并为之竭尽全力。
刘备取益州，孙权令诸葛瑾找刘备索要荆州。刘备不答应，孙权极为恼恨，便派吕蒙率军取长沙、零陵、桂阳三郡。长沙、桂阳蜀将当即投降。刘备得知后，亲自从成都赶到公安，派大将军关羽争夺三郡。孙权也随即进驻陆口，派鲁肃屯兵益阳，抵挡关羽。
双方剑拔弩张，孙刘联盟面临破裂，在这紧要关头，鲁肃为了维护孙刘联盟，不给曹操可乘之机，决定当面和关羽商谈。“肃邀羽相贝，各驻兵马百步上，但诸将军单刀俱会”。双方经过会谈，缓和了紧张局势。
随后，孙权与刘备商定平分荆州，“割湘水为界，于是罢军”，孙刘联盟因此能继续维持。
“母妃由此可见，虽然鲁肃看似不起眼，但是在每一处都是起着至关重要的作用。”
“更为重要的是难有的先见之明，这样的眼光可不是每个人都有的。”
宇萱也是这样认为的，这样的人往往很是睿智，知道低调谨慎。不到关键时刻不会暴露自己，知道什么时候才应该展现出来。