情报司的职责就是负责搜集军事情报，不管是是敌是友，而且该负责黑暗的工作。比如说暗杀，这都是情报司的职权范围。
情报司的司长是旱地忽律朱贵，朱贵在梁山泊也是元老级别的，而且朱贵还有一个特殊的地方，就是他一直都是梁山情报工作的头目，可以说最初梁山的情报基础就是朱贵打下来的，功勋卓著，也是深得晁盖的信任，这一次继续担任情报统领也是人尽其才。
还有最后一个就是警备司，警备司的作用有两个，一个是梁山头领和重要机构的安保工作，相当于中央警卫团，还有一个就是反间谍工作，也就相当于国安局的一部分职能。
警备司的司长是南离太保石宝，也是梁山元老，而且也是梁山初期少数几个大将，一身武艺，万夫不当之勇，对晁盖绝对是忠心耿耿，让他担任警备司司长晁盖绝对的放心。
警备司下属亲卫营，警卫署和保卫署，亲卫营就是晁盖的贴身卫队，人数在两千人上下，由过街老鼠张三和青草蛇李四兄弟两个统领。张三李四原先只不过就是东京街头的小混混，上了梁山之后先是在狼牙营里训练了好几个月，然后又有林冲，鲁智深等人的亲自传授，现在武艺也是小有成就，一直都跟在晁盖的身边。
警卫署也是专门负责梁山军政衙门和重要机构的安全工作，主官是一丈青扈三娘，这个职位是扈三娘向晁盖要来的，整日里在后山带着也是没意思，所以便想着在梁山担任一个职务，毕竟扈三娘的一身武艺还是很厉害的，让他相夫教子的确有点屈才。
至于说保卫署也就是反间谍的机构，由南离太保石宝亲自掌管，石宝在水浒传中能够成为方腊手底下的四大元帅之一，就说明不是一般人，让他掌管保卫署晁盖也是跟几个军师商量好几天的结果。狼牙营也挂名在警备司得下面，不过是归晁盖直接指挥的。
设立政法院，也就是梁山的刑事机构，负责梁山民政当面的治安，刑侦，法律等工作，政法院的政法长由铁面孔目裴宣担任，专业对口，轻车熟路，而且裴宣这个铁面孔目的称号可不是白来的，只要是涉及到律法的事情，可是一丝不苟，铁面无私。便是平日里天不怕地不怕的黑旋风李逵，拦路虎糜胜几个人见到裴宣也是躲得远远的。
政法院下设刑侦司，监狱司和公安司。刑侦司的司长是由铁叫子乐和担任；监狱司司长由铁臂傅蔡福担任，其弟弟一枝花蔡庆担任副司长；公安司还是由插翅虎雷横担任。
检察院基本不变，检察长由布衣人镜欧阳澈担任，人镜比喻的是唐代名臣魏征，这个欧阳澈的脾气秉性跟魏征是一点不差，铁面无私，眼睛里容不得半点沙子。
下设的监察司司长改为了黄蜂刺黄文炳，黄文炳本就是江州的通判，做的就是监督江州知府太守的职务，所以说调任他担任监察司司长，也是合理。
纪律司司长是冷面节级蔺仁，名相之后，能力，人品都是上上之人，纪律司就是纪委就是反贪局，需要这么一个干将来坐镇。
接下来就是军队方面的改编，晁盖一共成立了八大军团，分军团，师，营，队，什，伍六个级别。
每伍五个人，有一伍长；每十伍为一什，每什五十人，有一什长，一指导员负责思想工作；
每十什为一队，每队五百人，有一队长，一副队长，教导员负责思想工作；
每十队为一营，每营五千人，有一营长，一副营长，一政委负责思想工作；
每四营为为一师，每师两万人，有一都监，一副都监，一政委负责思想工作；
每军团下设师不等，军团有军团兵马总管，副总管和政委。
在梁山人民军里，晁盖特地增设了政委，教导员，指导员这些职位，直接归政治部管辖，军团级别的政委还兼任参谋长的职务，负责梁山军队中的政治思想工作，这也是晁盖借鉴后世国家军队的制度而改的。
在后世，国家军队能够在艰苦的条件下走过两万五千里，打败了倭国侵略者，战胜了无数看起来不可能完成的任务，靠的就是出色的思想工作。
第一个军团就是特战军团，也是晁盖准备组建的精锐军团，由全军精锐士兵组成，精兵强将，装备先进，说是御林军也不为过。
特种军团的军团兵马总管不是别人正是豹子头林冲，副总管是小天宝韩存保，政委是晁盖的师弟入云龙公孙胜。特种军团身份特殊所以这总管必须能够镇得住才行，林冲梁山大将，能力资历都是有的，但是唯一一个不足就是林冲一直都是禁军的教头，没有征战沙场的经验，所以说晁盖这才让小天宝韩存保辅助林冲，韩存保将门之后，又坐过朝廷的节度使，沙场经验丰富，两个人相得益彰。而政委是晁盖的师弟，也是心腹，也只有他能够担当此任。
特种军团下设五师三营共十二万人马，狮虎师都监花和尚鲁智深，副都监醉伏虎武松；破军师都监黑旋风李逵，副都监丧门神鲍旭，八臂哪吒项充飞天大圣李衮；七杀师都监翻天虎邓宗弼，副都监病翼德辛从忠；贪狼师都监赛虎痴张应雷，副都监三宝将陶震霆；火炮师都监轰天雷凌振，副都监小尉迟孙新；神火营营长神火将魏定国；神箭营营长小养由基庞万春；侦察营营长鼓上蚤时迁，副营长白日鼠白胜。
青龙军团，兵马总管小关羽云天彪，副总管小李广花荣，政委太学狂生吕将，这三个人的组合可以说是最强大的，这三个人都是舒服兵书战册的人物，都可以独当一面，组合在一起，也是晁盖有意而为之，便是为了日后能够独当一面。
下辖四个师八万人。步一师都监拦路虎糜胜，副都监没面目焦挺；步二师都监恶面神山士奇，副都监锦豹子杨林；骑一师都监没羽箭张清，副都监粉面珈蓝云龙；骑二师都监急先锋索超，副都监铁笛仙马麟。
白虎军团，兵马总管大刀关胜，副总管霹雳火秦明，政委井木犴郝思文，大刀关胜武圣关云长嫡系子孙，霹雳火秦明勇不可当，郝思文一代儒将，攻守兼备。
下辖四师八万人。步三师都监铁棒栾廷玉，副都监混世魔王樊瑞；步四师都监虎头太保酆泰，副都监青眼虎李云；骑三师都监双枪将董平，副都监小霸王周通；骑四师都监病尉迟孙立，副都监打虎将李忠。
朱雀军团，军团兵马总管双鞭呼延灼，副总管青面兽杨志，政委神机军师朱武，双鞭呼延灼和青面兽杨志都是将门之后，文韬武略俱备的大将，神机军师朱武更是智计百出。
下辖四师八万人。步五师都监赤发鬼刘唐，副都监勇金刚谢德；步六师都监登山豹子厉天闰，副都监铁罗汉娄熊；骑五师都监百胜将韩滔，副都监天目将彭玘；骑六师都监赛知节杨腾蛟，副都监病大虫薛永。
玄武军团，军团兵马总管小罗成唐斌，副总管恨天无把卞祥，政委金枪手徐宁，小罗成唐斌乃是浦东三杰之一，文韬武略自然是厉害无比，而且在梁山上就是晁盖的心腹大将，恨天无把卞祥可是水浒中田虎的丞相，定然不是酒囊饭袋，金枪手徐宁，将门之后，文武双全。
下辖四师八万人马。步七师都监火眼狻猊邓飞，副都监石将军石勇；步八师都监银面韦陀傅玉，副都监病关索杨雄；骑七师都监美髯公朱仝，副都监白花蛇杨春；骑八师都监九纹龙史进，副都监跃涧虎陈达。