叛军撤出登州府之后，就彻底分裂了，被李九成坑了一把后，孔有德和耿仲明两人宁愿没有李九成麾下那一万多人叛军，也不愿意在与这个坑爹的队友一起组队了。于是，李九成就不得不自己单干了。
不过不管是单干的李九成还是依旧在合伙的孔有德和耿仲都没敢在登州府多待，出了登州城之后，就直奔莱州府去了。
其中孔有德和耿仲明为了尽快脱离破虏军的虎口，担心走掖县ｊｉｎｒｕ莱州府会遭到莱州知府的堵截，还特意转道走莱阳，并且在莱西登船，沿大枯河直接杀进了莱州府东南部胶州地区，发现破虏军没有追上来的迹象之后，孔有德和耿仲明决定在胶州地区恢复元气，然后在经青州府杀回到济南府去。
而李九成则仗着自己兵力马壮，又战功赫赫，决心攻下莱州城以解被方云赶出登州之恨，当然也有借莱州府的资源扩充自己实力的意思。
不过李九成没想到的是，莱州城虽然没有登州城那么城高墙厚，也没有登州城那么多火炮这样的守城利器，甚至连守城的兵力也比不上登州城。
可不管是莱州知府还是负责守城的莱州总兵，守城的决心可要比当初的孙元化坚定多了，而且莱州城也没有像耿仲明这样的内应，李九成麾下的兵马虽然有半数是老兵，其他也或多或少地见过血，可叛军的人数总共也有一万人出头，而且还有没任何攻城利器。
再说人家莱州城光是正规军就有八九千人，知道叛军来了之后，莱州知府还在城里征召五六千壮丁，把莱州城防护就像是铜墙铁壁一般，李九成猛地一头撞了上去，立刻就是头破血流，不到五天的时间，就损失了三千人。
要不是李九成反应的快，带着残余的七千多叛军连夜从逃跑了，说不定他这支叛军就会全部搭在莱州城下。不过李九成从莱州城逃跑之后，也没有立刻逃出莱州府，而是青州府和莱州府接壤地区舔伤口。
卧榻之下有两支叛军的队伍在酣睡，登莱知府自然直坐立不安，做梦都会吓醒。因为在莱州城下击败过李九成，莱州知府就把目标瞄准了李九成，在加上这个孔有德和耿仲明两人率领的叛军人数比较多，所以莱州知府便让莱州总兵先对付李九成。
莱州总兵虽然说在登州城击败了叛军，可他麾下的士兵和山东其他明军一样，几十年都没有打过打仗了，之前因为兵力不比叛军少，又占着守城的优势，他们才能轻易地挡住李九成的进攻。
可是他们主动放弃自己优势，主动和叛军野战，而李九成好歹也是从济南府打到登州府的，中间不知道击败了多少官军部队，莱州兵以己之短攻敌之长，结局自然难逃惨败，八千余人的大军逃回莱州城后还不到三千人。
要不是李九成、孔有德、耿仲明三人都没有在莱州府发展的想法，估计三人只要再次合兵一起攻打莱州城，莱州城最八成就要守不住了。
叛军的主力虽然都在莱州府徘徊，不过还有几股被打撒的叛军小部队在登州府境内作乱，此外，孔有德留下来断后一万叛军，有两千来人在方云夺回登州城之前跑了出去。
这些叛军手里都掌握这孔有德留下来大笔的钱财，跑出登州城后，只有极少部分胆小、谨慎的叛军将领偷偷地脱下了军装，带着钱财和家人躲到南方去了，大部分叛军再尝到了掌握别人生杀大权、来钱又快的甜头后，再也不想回去过以前那种无权无势的生活了。
这这部分叛军在一个名叫周丽川的叛军游击将军率领下，汇合被打算的叛军之后，兵力顿时超过了两千人，周丽川又利用手里钱财，在招远，栖霞，莱阳。莱西一带大肆招揽土匪流民，一下子有发展出了一只五千余人的贼军。
之所以叫贼军，是因为这五千人马档次和叛军差的太远，孔有德和李九成这两支叛军，都是以朝廷正规军为骨干的，不要说卫所军，就连一般的营兵部队都不是他们的对手。
而周丽川拉起的五千人不是山贼就是土匪，即便原来两千叛军，也大部分都是在孔有德兵变之后才加入叛军的，所以在这支贼军里，除了周丽川这个首领之外，真正是朝廷正规军乃至卫所军出身的总人数都不会超过一百人。
第一旅出征的时候，周丽川也率领率领五千贼军运气在莱阳县城下呢，看着莱阳县城头害怕的瑟瑟发抖的卫所兵，周丽川得意洋洋地对贼军士兵大笑道：“破城之后，全军三天不封刀！”
此话一出，周立川身后的五千喽啰瞬间欢呼起来了，然后乱哄哄地呼喊着各种口号，杀向了莱阳县城。
尤其是那些刚加入不久土匪山贼们，往常他们见到官兵就像老鼠见了猫似的，有多远就得夺多远，生怕被官兵那他们的脑袋去请功，加入了周丽川麾下还不到一个月，风水就轮流转了，土匪和山贼们都非常庆幸，自己做了一个聪明的决定。
方大山是在招远县的时候得到周丽川围了莱阳县城的消息，此次带兵戡乱，方云交给方大山两个任务，明面上只要目的是剿灭各县，卫所残余叛军，恢复登州府治安，实际上方大山知道自己真正的任务是王永民在各县建立税务司机构。
由于王永民现在应是登莱参政了，正式ｊｉｎｒｕ大明的文官系统，这个时候，政务厅已经不再适合存在，所以方云取消了政务厅这个机构，文官系统和破虏军不一样，募兵营的编制可以由主官来决定，可文官系统，方云要是敢伸手，绝度会遭到朝廷的雷霆反击，那可是延续了几百年官职。
新的官员制度一般只会在旧的王朝灭亡，新的王朝重新建立的时候才会出现，如果在登州府文官体统继续执行政务厅那一套，那岂不是明着告诉朝廷中央，告诉皇帝，老子就是要推翻你。
当然取消了政务厅不代表方云就放弃了要控制各县，政务厅原班人马全部跟这王永民，ｊｉｎｒｕ巡抚衙门工作了，原来部门该干什么还干什么，只是换了一个名字而已。
不过税务司这个机构被方云保留了下来，为了说服孙元化，方云给他的解释是。税务司只是临时存在的，等登莱两府稳定下来，并且官府把他向商人借的银子全部还清，就会取消。
为了完成这个任务，方大山以剿匪的名义，让一团到黄县，三团到福山县全副武装地游行了一圈，然后在帮助王永民的人在两县建立税务司衙门。
两县的知县、官吏和以及士绅和商人当然是坚决反对税务司这样机构成立，不过方大山才懒得理这些人，只说这是巡抚衙门的命令，让他们有命令去和巡抚大人提，为了震慑宵小，防止某些人狗急跳墙搞破坏，方大山在两县各驻扎了一个哨，专门负责保护税务司。
同样的事情，方大山又在招远和栖霞县重复了一次，效果也很明显，四个县零散的叛军都被彻底肃清，就连原本盘桓在各县的土匪都遭受了池鱼之殃，被方大山顺手解决了。同时一个崭新的机构——税务司，不顾各县官吏，士绅，商人等有识之士的声讨，顽强地在各县的中心位置挂牌成立了。
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